Historia Naruto zaczyna się, gdy Czwarty Hokage, jego ojciec, w obronie Konohy przed lisim demonem, o dziewięciu ogonach poświęca swoje życie, wiążąc przy tym bestię w ciele nowo narodzonego chłopca. Naruto może czerpać z niemalże nieskończonych pokładów chakry demona, a rany, które zdobywa po praktycznie każdej walce, goją się w oka mgnieniu. Kiedy w Naruto narasta gniew, czakra demona wydostaję się na zewnątrz i dodaję mu energię, jednocześnie gojąc mu rany. Pierwszy raz w dochodzi do tego w walce z Haku, kiedy rzekomo zabił on Sasuke. Pierwszym stadium tej zmiany są czerwone oczy demona, dłuższe paznokcie, które wtedy wyglądają jak pazury oraz powiększone kły. Im Naruto jest bardziej wściekły tym gorsze stadium przemiany. W następnym stadium czakra tworzy wokół niego powłokę lisa. Im więcej ogonów uformuję się z czakry, tym bardziej Naruto traci nad sobą panowanie i nie odróżnia przyjaciół od wrogów. Pierwszy raz widzimy tą przemianę podczas walki z Sasuke, kiedy ten zamierza dołączyć Orochimaru, a Naruto usiłuje go powstrzymać. Gdyby w tamtej walce wyrosło więcej niż tylko jeden ogon, przypuszczalnie Naruto mógłby nawet zabić Sasuke. Ostatnie stadium tworzy się kiedy powstaną cztery ogony. Skóra Naruto przypomina wtedy czakrę lub ogień, co powoduję że chłopak wygląda wtedy jak miniaturowa wersja Kyūbiego. Chłopak dochodzi do tej formy podczas walki z Orochimaru. Nie da się go wtedy powstrzymać i nic nie jest w stanie go zranić. Prawdopodobnie gdyby wyrosły wszystkie dziewięć ogonów, przez Naruto zaczął by przemawiać sam Kyūbi, tak jak to miało miejsce z Gaarą, kiedy ten zapadł w udawany sen.
Naruto nie wie nic o swoich rodzicach. O jego matce, której na imię Kushina Uzumaki nie wiadomo wiele oprócz tego, że pochodziła z (nieistniejącego już) Kraju Wiru i była żoną Minato.

Naruto wychował się w samotności, unikany przez mieszkańców wioski. Sam Czwarty Hokage pragnął, aby traktowano go jako bohatera, który uratował wioskę. Dotkliwe kary, które wprowadził trzeci Hokage za mówienie o przeszłości, powstrzymują starszych przed otwartą wrogością, jednakże ich niechęć w stosunku do Naruto przenosi się na jego rówieśników, którzy nie znają prawdy. Fakt ten bardzo martwi Sarutobiego, który podziela opinię swojego następcy i pragnie, aby Naruto żył wolny od uprzedzeń.



Sam Naruto dowiaduje się o zapieczętowanym w nim Kyūbim dopiero w wieku 12 lat, wcześniej sprawiwszy mnóstwo problemów wychowawczych (jednym z wielu jego pomysłów jest pomazanie wyrytych w skale głów Hokage farbą), chcąc w ten sposób zwrócić na siebie uwagę, gdyż nie zna on powodu, dla którego jest unikany. Namiastką ojca stał się dla niego Iruka Umino, nauczyciel z Akademii Ninja. Mimo że rodzice Iruki również zginęli podczas walki z demonem, jako jeden z pierwszych przezwycięża on swoje uprzedzenia i nie wini Naruto za ich śmierć, stając się w ten sposób jego pierwszym i najważniejszym przyjacielem oraz kimś w rodzaju ojca.

Do wyróżników jego osobowości należy hałaśliwość i umiejętność zaskakiwania oraz niczym nie zrażone przekonanie, iż któregoś dnia zostanie największym Hokage ze wszystkich. Osiągnięcie tego celu ma zapewnić mu uznanie mieszkańców Konohy, a żeby je zdobyć, Naruto trenuje bez wytchnienia.

Determinacja chłopaka, jego szacunek i lojalność względem przyjaciół oraz miłość do Konohy sprawiają, że przyciąga do siebie wielu ludzi. Z drugiej strony potrafi też być osobą momentami nieznośną i dziecinną, co przejawia się głównie we wspomnianym wcześniej hałaśliwym zachowaniu, wilczym apetycie oraz zamiłowaniu do śmiesznych przedmiotów (np. portmonetka-żabka lub piżama). Naruto posiada też wspaniały dar (jak nazwał to Kakashi) - każdy, kto go poznaje, zostaje jego przyjacielem.


W Naruto: Shippūden po dwuipółletnim treningu z Jiraiyą powraca wraz ze swoim sensei do Konohy. Zaraz po powrocie do wioski przechodzi sprawdzian umiejętności (razem z Sakurą) walcząc z Kakashim. Jego pierwszą misją w nowo utworzonej drużynie Kakashiego jest uratowanie Gaary, który został porwany przez członków Akatsuki: Deidare i Sasoriego. Wraz z Kakashim walczy przeciwko Deidarze. W końcu odbija Kazekage z rąk członka Akatsuki i dowiaduje się, że on nie żyje. Skutkiem tego było ukształtowanie przez Naruto dwóch ogonów z chakry Kyūbiego, lecz zostaje on w porę powstrzymany przez Kakashiego. Ostatecznie (po walce z Deidarą) również udaje mu się z pomocą Chiyo przywrócić Gaarę do życia.
Po wykonanej misji wyrusza na kolejną, w której ma schwytać szpiega Sasoriego pracującego dla Orochimaru. Jednak tym razem z nowymi towarzyszami. Z powodu "kontuzji" Kakashiego, zostaje przydzielony nowy kapitan - Yamato, a miejsce Sasuke zajmuje Sai. Na miejscu okazuje się, że owym szpiegiem jest Kabuto. Po chwili pojawia się również sam Orochimaru. Dochodzi do walki między Sanninem a Naruto, który podczas starcia przyjmuje postać miniaturki Kyūbiego. Walka jest ciężka, ale ostatecznie Orochimaru (razem z Kabuto i Sai'em) się wycofuje, a Naruto zostaje przywrócony do normalnego stanu przez Yamato. Potem razem z drużyną rusza w pościgu za Sanninem oraz próbuje sprowadzić Sasuke z powrotem do Konohy. Niestety ta akcja się nie udaje, a Naruto niemal nie ginie z ręki młodego Uchihy. Po tym zdarzeniu Naruto razem z drużyną wraca do wioski.
Następnie podczas treningu z Kakashim i Yamato, tworzy nową oryginalną technikę stworzoną na podstawie Rasengana (przy treningu nad nowym jutsu pomagały mu jego cieniste klony, które znacznie przyśpieszyły czas ukończenia techniki). Nowa technika nosi nazwę Fūton: Rasenshuriken, która jest jednak ukończona jedynie w 50%. Dzięki niej pokonuje jednego z członków Akatsuki, Kakuzu, lecz sam zostaje poważnie ranny w rękę, ponieważ to jutsu działa również w drugą stronę. Niedługo potem dowiaduje się, że nie może używać tej techniki, ponieważ zagraża ona jego zdrowiu.
Następnie Naruto zostaje przydzielony do 8-osobowej drużyny, aby po raz kolejny spróbować sprowadzić Sasuke do Konohy. W czasie tych poszukiwań Naruto wraz z drużyną zostaje zatrzymany przez członka Akatsuki, Tobiego. Potem pojawia się Zetsu i mówi o pojedynku Itachiego z jego bratem Sasuke. Tobi zaprzestaje walki. Naruto wraz z drużyną próbuje dostać się jak najszybciej do półżywego Sasuke, zanim zrobią to Tobi i Zetsu. Niestety to przedsięwzięcie się nie udaje, ponieważ członkowie Akatsuki docierają szybciej do miejsca, w którym znajduje się młody Uchiha. Tym samym kolejna misja "uratowania" Sasuke przez Naruto nie powiodła się.
Następnie widzimy Naruto, który znajduje się w swoim domu i rozmyśla nad rozmową z Itachim, która miała miejsce chwilę przed walką braci Uchiha. Podczas tych wspominek dowiadujemy się także, że Itachi przekazał Naruto cześć swojej mocy, aby ten w przyszłości mógł ją wykorzystać, gdyby Sasuke chciał kiedykolwiek zaatakować Konohę. Chwilę później pojawia się Kakashi, który wzywa Naruto do biura Hokage. W drodze do siedziby Tsunade, Naruto spotyka Gamabuntę i Gamakichiego. Gdy już dociera do miejsca przeznaczenia spotyka drużynę siódmą oraz grupę żab przybyłych z góry Myouboku pod przywództwem Fukasaku (żaby Pa). Wtedy właśnie Naruto dowiaduje się od Pa i Tsunade o śmierci swojego senseia Jiraiyi zamordowanego z rąk Peina. Załamany opuszcza gabinet Hokage. Po drodze spotyka Irukę, który zaprasza go na Ramen, jednak Uzumaki odmawia. Następnie dochodzi do rozmowy między Naruto i Iruką, który pociesza głównego bohatera. Nieco później do domu Uzumakiego przychodzi Shikamaru, aby zapytać się, co może oznaczać kod zostawiony przez Jiraiyę oraz przeprowadza z nim rozmowę, która podbudowywuje Naruto oraz wyciąga go z psychicznego dołka.
Następnie Naruto razem z Shikamaru i Shiho próbują rozwiązać zagadkę wiadomości od Żabiego Pustelnika. Niedługo potem udaje się rozwikłać tajemnicę kodu. Rozwiązanie zostaje pokazane mędrcowi Fukasaku, lecz jednak nie wiele to daje. Zaś Naruto staje się coraz bardziej niecierpliwy, ponieważ sekcja zwłok ciała Peina ma potrwać jeszcze tydzień, a on nie chce bezczynnie siedzieć. W końcu najstarszy żabi mędrzec, były nauczyciel Jiraiyi, decyduje się wziąc Uzumakiego na bardzo trudny trening na górę Myouboku i nauczyć go technik Senjutsu, aby miał większe szanse na pokonaie Peina. Naruto ostatecznie zgadza się na trening.


Dzieciństwo Sakury było jednym z normalniejszych, szczególnie w porównaniu do członków jej późniejszej drużyny: miała ona pełny dom oraz kochających rodziców. Jedynym jej zmartwieniem był brak pewności siebie obecny już od czasów przedszkolnych, który ujawniał się jako kompleks wysokiego czoła. Dopiero Ino Yamanaka, najbardziej lubiana oraz najładniejsza dziewczynka w jej wieku, zaprzyjaźniła się z nią. Dzięki temu Sakura otworzyła się na innych pozwalając im na dostrzeżenie jej prawdziwej osobowości.

Z powodu niewątpliwej popularności tajemniczego Sasuke Uchihy wśród dziewcząt ich przyjaźń zamieniła się wkrótce w rywalizację rozszerzającą się na wręcz każdy rodzaj codziennej aktywności (np. pierwszeństwo wejścia do klasy). W większości wypadków jest ona nierozumiana i bagatelizowana, gdyż kłótnie te stają się często zabawne, będąc wyśmienitą rozrywką dla obserwujących je przyjaciół.

W celu wyrównania poziomu tworzonych grup Sakura zostaje przydzielona do wspólnej drużyny z najgorszym uczniem w klasie, Naruto Uzumakim (ku jego radości), oraz z najlepszym, Sasuke (ku jej radości). Cała drużyna zostaje oddana pod opiekę Kakashiemu Hatake, który szybko zauważa walkę o względy oraz relacje panujące w grupie stwierdzając o Sakurze, że dziewczęta w jej wieku bardziej zainteresowane są miłością niż ninjutsu. Jej oczekiwania w stosunku do członków drużyny są oczywiste: ma nadzieję, że Sasuke wreszcie ją zauważy i będą razem, jednak równocześnie nie zauważa, że irytujący ją Naruto żywi te same uczucia względem niej.

Początkowo, z powodu bardzo dobrej kontroli czakry i dobrych podstaw teoretycznych wyniesionych z akademii (wysokie zdolności analityczne oraz kontrola czakry predysponują ją do rozpraszania genjutsu), nie odstaje zbyt od jej kolegów, szybko jednak okazuje się być najsłabszą członkinią drużyny. Z biegiem czasu jej uczucia względem Naruto, przede wszystkim z powodu rozwoju tej postaci, stają się cieplejsze. Pozostaje jednak wierna swemu uczuciu co do Sasuke. Niestety nie udaje się jej zatrzymać odchodzącego z wioski ostatniego Uchiha, który mimo wszystko dziękuje jej za okazanie szczerych uczuć. Haruno po jakimś czasie zaczyna dażyć Naruto sympatią.



W Naruto Shippūden, po trzyletnim treningu u Tsunade, Sakura świadoma swojej małej użyteczności dla drużyny nadrobiła zaległości: stała się sprawniejsza fizycznie, wyzbyła się lęku stając się podobną do swojej mentorki. Przede wszystkim jednak nauczyła się wielu technik medycznego ninjutsu, które opanowane do perfekcji nie raz uratowały życie jej przyjaciołom (m.in. Kankurō, który został zatruty przez Sasoriego). W między czasie zostaje chūninem. Podczas misji odbicia Gaary wraz z Czcigodną Chiyo pokonuje Sasoriego. Opuszczona przez Sasuke drużyna nie ulega rozwiązaniu: w jej skład wchodzi Sai, którego towarzystwo nie zawsze podobało się zarówno Sakurze, jak i Naruto. Później zostaje przydzielona do 8-osobowej drużyny w celu sprowadzenia Sasuke do Konohy. W czasie tych poszukiwań Sakura wraz ze swoją drużyną zostaje zatrzymana przez członka Akatsuki, Tobiego. Niestety misja "ratowania" Sasuke znowu się nie powodzi.
Jako syn slynnego Sakumo Hatake wcześnie kończy Akademię Ninja (w wieku 6 lat), zdobywając po roku rangę chūnina, zaś w wieku 13 lat staje się jōninem. Z powodu przeszłości ojca, Kakashi postanowił być zawsze wiernym danym rozkazom (jego ojciec popełnił samobójstwo, ponieważ złamał rozkaz i poszedł na ratunek przyjaciołom; wypominali mu to nawet uratowani).

Swoje postępowanie zmienia podczas swojej pierwszej misji jako jōnin dowodzący drużyną Czwartego, do której sam należy. Elementem zwrotnym jest bunt Obito Uchihy, który sprzeciwia się jego rozkazowi opuszczenia pojmanej Rin, medycznej kunoichi ich drużyny, i kontynuowania misji. Ostatecznie Kakashi dołącza do niego, jednakże prowadzona już walka stawia obu przed trudnymi decyzjami. Śmiertelnie ranny Uchiha (zmiażdżenie połowy ciała przez wielki głaz) postanawia przekazać mu sharingan, który zostaje wszczepiony przez Rin w miejsce wcześniej straconego podczas potyczki lewego oka jako prezent z okazji stania się jōninem.

Właśnie Obito (opuszczając Kakashiego, aby ratować Rin) jest autorem często cytowanych później przez Kakashiego słów: "Ci którzy nie wypełniają rozkazów są śmieciami, ale ci, którzy opuszczają swoich przyjaciół są gorsi niż śmiecie". Także akcentowana przez jōnina współpraca drużynowa jest efektem wspomnianych wydarzeń. Wcześniej nieco sztywny przejął wiele z zachowań zmarłego przyjaciela, np. wymówki po spóźnieniach, które są wynikiem przeciągających się wizyt przy monumencie wspominającym zmarłych bohaterów Konohy, w tym Obito.

Ponieważ sharingan nie jest jego naturalnym okiem, jest stale aktywny. Dlatego też gdy nie jest potrzebny, Kakashi zasłania swoje oko ochraniaczem na czoło, aby oszczędzać czakrę. Długotrwałe używanie tego kekkei genkai powoduje ogromne wycieńczenie organizmu (co właściwie nie zdarza się członkom klanu Uchiha) tak, że nie może się on w ogóle ruszać, nawet przez blisko tydzień. Poza wspomnianymi różnicami otrzymany sharingan podlega ewolucji (na Mangekyo Sharingan) zachowując się jak normalny sharingan klanu Uchiha.

Unikatową techniką opracowaną przez niego jest Chidori (świergot tysiąca ptaków, inaczej Raikiri). Od młodości jego twarz ukryta jest za maską. Podopieczni, szczególnie Naruto, próbowali ją zerwać, nawet podczas snu lub zmusić go do jej zdjęcia w inny sposób. Autor zapytany o twarz bohatera stwierdził, że zasłonił ją maską, ponieważ nie miał na nią pomysłu[potrzebne źródło].

Ulubioną lekturą Kakashiego jest seria książek dla dorosłych Eldorado flirtujących (jap. イチャイチャパラダイス, Icha Icha Paradaisu?) autorstwa Żabiego Pustelnika czyli Jiraiyi.


W Naruto Shippūden Kakashi wyruszył na pomoc porwanemu przez Akatsuki Gaarze. Walczy przeciwko jednemu z członków, Deidarze. Podczas walki ujawnia nam jedną ze swoich nowych technik za pomocą swojego Mangekyō Sharingan (dzieki tej technice Deidara traci drugą rękę). Po powrocie do Konohy z powodu długotrwałego użycia swojego Sharingana trafia na tydzień do szpitala. Okresowo na jego miejsce zostaje przydzielony nowy kapitan, Yamato. Pomaga Naruto w tworzeniu nowej techniki bazowanej na Rasenganie. Od śmierci Asumy Sarutobiego został opiekunem drużyny 10. Tworzy 8-osobową drużynę w celu sprowadzenia Sasuke do Konohy. W czasie tych poszukiwań on i jego drużyna zostaje zatrzymana przez jednego z członków Akatsuki, Tobiego. Potem pojawia się Zetsu i mówi o śmierci Itachiego oraz wygranej Sasuke, wtedy Tobi zaprzestaje walki. Kakashi korzystając z sharingana dowiaduje się, iż Tobi również go posiada. W rozdziale 396. aktywuje Mangekyō Sharingana bez skumulowania czakry w oku, co oznacza, że posługiwanie się nim idzie mu coraz lepiej.

To koniec biografi .